Durante casi cuatro siglos, Alaejos ha sido una villa de señorío que ha pertenecido a la familia de los Fonseca y por sucesivas uniones matrimoniales a una de las más importantes casas nobiliarias españolas: Ayala, Monterrey, Veragua, Berwick y Alba entre otras.
El régimen señorial tenía una serie de privilegios. Entre ellos, los derechos de la renta de la tierra que trabajaban hombres libres que con el tiempo adquirían el derecho de la misma; los derechos de jurisdicción sobre los colonos y los derechos de gobierno, nombrando los corregidores, regidores, alcaldes, fieles, corredores, alcaides de sus castillos, etc.
Existía también el derecho a las prestaciones personales, como la caza, pesca, molino, fragua, hospedaje, etc.
Esta situación de dominio del señor no desaparece hasta 1837 de forma casi definitiva. En Alaejos desaparecen todos los derechos, excepto la propiedad de algunas fincas urbanas y rurales.
Mayorazgo de los Fonseca
El primer señor de Alaejos, fue don Alonso de Fonseca, nacido en Toro el año 1418 y muerto en Coca en 1473. Era una familia de origen portugués que había servido a los reyes castellanos. Don Alonso fue arzobispo de Sevilla y sirvió al rey de Castilla Enrique IV, a cuya mujer la reina Juana, madre de Juana la Beltraneja, mantuvo encerrada en su castillo de Alaejos.
Fue el maestrazgo de las villas de Coca y Alaejos, lo que suponía que todos los derechos que tenía sobre estas villas pasaban a sus herederos.
Otros miembros destacados de la familia Fonseca han sido: su sobrino Alonso de Fonseca, arzobispo de Santiago, fundador del Colegio de los Irlandeses de Salamanca donde está enterrado. De su unión con María de Ulloa tuvo al tercer Alonso de Fonseca (1476-1534), arzobispo de Toledo y Santiago; don Francisco de Fonseca fundó en 1572 el convento de San Francisco de Alaejos, que en el siglo XVIII contaba con 21 franciscanos descalzos de misa y 5 legos.
Este convento se encontraba a una octava de legua (unos 700 metros) de la villa y parece ser que fue destruido por los franceses en la guerra de la Independencia; en 1607 por Real cédula de Felipe III se concede las alcabalas de Alaejos a don Antonio de Fonseca y Ayala, es decir, los impuestos sobre las ventas que se efectúen; don Fernando de Fonseca y Zúñiga es ya Conde de Ayala y Marqués de Tarazona en 1646, año en que da poder al corregidor de la villa don Diego de Rojas y Quiñones para que nombre alcaldes y regidores en Castrejón.
En 1679 doña Inés de Fonseca y Ayala es también Condesa de Monterrey. Juan Domingo de Zúñiga, Fonseca, Ayala y Toledo nombra en 1681 alcaldes ordinarios de Alaejos a Antonio Velázquez por el estado de los hijosdalgo y a Pedro Zabaco Manjarrés por el de los hombres buenos.
Los Duques de Veragua
A principios del siglo XVIII se tiene noticia de los primeros descendientes de Colón, como señores de Alaejos. Carlos V había concedido el título de Duque de Veragua al nieto de Cristóbal Colón, Luis Colón de Toledo.
En 1710 aparece el nombre de Pedro Manuel Colón de Portugal, Ayala, Fonseca, etc., como dueño y señor de la villa y en numerosos documentos doña Catalina Ventura Colón de Portugal, Duquesa de Veragua, Berwick y Liria, que en 1738 nombra corregidor a Antonio Castellano y alcaldes a Lope Méndez de Guevara y Antonio Reynoso.
Los Duques de Berwick
El primer Duque de Berwick era hijo del rey de Inglaterra Jacobo II. El duque Jacobo Fitz James Stuart, Duque de Berwick estuvo al servicio del rey Luis XIV de Francia, de cuyo ejército era lugarteniente general, siendo uno de los mejores generales de la época. Por ello el rey le concedió el ducado de Berwick, este primer duque fue también Duque de Liria.